Laut Laborbericht des Gesundheitsamtes waren giftige Blaualgen (Cyanobakterien) für die Verfärbung verantwortlich. „In einer Probe aus dem Eixer See konnte nachgewiesen werden, dass Biomassereste zusammengetriebener Cyanobakterien zu den Abbauprozessen und auch zu den Schwefelpurpurbakterien geführt haben“, sagte damals Bettina Dörr, Sprecherin des Niedersächsischen Landesbetriebs für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN).
Blaualgen produzieren giftige Stoffe, die bei Menschen zu Übelkeit, Erbrechen, Durchfall, Hautreizungen, geröteten Augen, Fieber und Atemnot führen können. Im schlimmsten Fall kann es auch zu Lähmungen der Atemmuskulatur und zur Schädigung des Nervensystems kommen. Experten vermuten, dass starke Winde Auswirkungen auf die Blaualgen-Produktion im Eixer See hatten. Wegen der Durchmischung des Wassers durch den Wind hätten die Blaualgen aus der Tiefe des Sees an die Wasseroberfläche gelangen können.